Il y a des organismes dont on ne parle presque jamais et qui font pourtant tourner le monde végétal en coulisses… Les champignons endophytes ! (endophyte = littéralement « à l’intérieur d’un végétal »)
Ce sont des champignons microscopiques qui vivent à l’intérieur des tissus des plantes, dans les racines, les tiges, les feuilles… Sans provoquer aucun symptôme visible. Une cohabitation invisible mais parfois très profitable pour la plante.
Une revue de synthèse publiée en mai 2026 dans le Journal of Crop Health par une équipe de l’Université Manipal (Inde) fait le point sur un double talent assez spectaculaire de ces champignons : leur capacité à aider les plantes à résister à la fois au stress salin (un problème agricole colossal) et aux attaques d’insectes.
Le problème : du sel, des insectes, et des plantes qui trinquent
On estime que les stress abiotiques (sécheresse, chaleur, salinité) sont responsables de 51 à 80 % des pertes de récolte dans les grandes cultures mondiales. Côté biotique, les insectes, les pathogènes et les mauvaises herbes ajoutent 17 à 30 % de pertes supplémentaires. Avec le changement climatique, la salinisation des sols s’accélère (en Inde, on estime que 50 % des terres cultivables pourraient être salinisées d’ici 2050), et la pression des « ravageurs » augmente avec les températures.
Les plantes ont leurs propres mécanismes de défense, mais ils sont souvent insuffisants face à des stress prolongés ou combinés. D’où l’intérêt croissant pour les alliés microbiens, et notamment les champignons endophytes.
Contre le sel : un arsenal biochimique discret mais efficace
La revue détaille les mécanismes par lesquels les champignons endophytes aident les plantes à tolérer la salinité :
- Premièrement, ils régulent l’homéostasie ionique : concrètement, ils aident la plante à limiter l’accumulation toxique de sodium (Na⁺) dans les cellules en le séquestrant dans les vacuoles et en favorisant l’absorption de potassium (K⁺). Certains champignons, comme Piriformospora indica, activent l’expression de gènes transporteurs d’ions spécifiques dans les racines du riz, de la tomate ou de l’orge.
- Deuxièmement, ils renforcent les défenses antioxydantes. Le stress salin provoque une accumulation de radicaux libres (les fameux ROS) qui endommagent les cellules. Les plantes colonisées par des endophytes montrent une activité accrue d’enzymes antioxydantes (catalase, peroxydase, glutathion réductase), ce qui limite les dégâts cellulaires.
- Troisièmement, ils améliorent l’ajustement osmotique par l’accumulation d’osmolytes (proline, sucres solubles, tréhalose) et maintiennent l’architecture racinaire fonctionnelle, ce qui permet à la plante de continuer à absorber eau et nutriments même en sol salé.
En gros, les champignons les aident à mieux supporter les sols salés. Ils limitent l’accumulation de sel toxique dans les cellules, renforcent les défenses de la plante contre les dommages causés par le stress et lui permettent de continuer à absorber de l’eau et des nutriments malgré des conditions difficiles. Grâce à cette association, les plantes restent en meilleure santé et résistent davantage aux effets néfastes de la salinité.
Contre les insectes : des champignons tueurs (d’insectes)
L’autre volet de la revue concerne les champignons capables de coloniser les tissus végétaux tout en restant pathogènes pour les insectes. Environ 750 espèces réparties dans 90 genres possèdent cette double casquette.
Les plus étudiés sont Beauveria bassiana et Metarhizium anisopliae. Quand ces champignons colonisent une plante, ils la transforment en quelque sorte en piège : les insectes qui s’en nourrissent ingèrent des métabolites toxiques produits par le champignon, ou entrent en contact avec des spores qui percent leur cuticule grâce à des enzymes hydrolytiques (chitinases, protéases, lipases).
Les toxines produites sont variées et redoutablement efficaces. Les destruxines, par exemple, provoquent une paralysie musculaire chez les chenilles en ouvrant les canaux calciques. La beauvéricine perturbe l’équilibre ionique des cellules d’insectes et bloque même les pompes d’efflux qui leur confèrent une résistance aux pesticides. D’autres composés suppriment le système immunitaire inné de l’insecte, ce qui permet au champignon de proliférer à l’intérieur de l’hémocèle (la cavité corporelle remplie d’hémolymphe (Le « sang » des insectes)).
Côté plante, la colonisation par ces champignons active aussi les voies de défense endogènes, notamment les voies de l’acide jasmonique et de l’acide salicylique, les deux grands systèmes de signalisation de défense végétale.
Le graal : un seul organisme, deux protections
Ces champignons endophytes ne sont pas juste « anti-sel » ou « anti-insectes », ils pourraient potentiellement jouer les deux rôles simultanément, via des réseaux hormonaux interconnectés (ABA, JA, SA, éthylène). L’idée est que la reprogrammation métabolique induite par le champignon bénéficie à la plante sur les deux fronts.
Les auteurs sont prudents : la plupart des études existantes portent sur un seul stress à la fois, en conditions contrôlées, et souvent sur un nombre limité de couples plante-champignon (avec une surreprésentation de P. indica et B. bassiana). Les validations fonctionnelles manquent encore, et le passage du laboratoire au champ reste un défi majeur. Mais le potentiel est là.
Pourquoi c’est important (et pas que pour les agronomes)
Pour celles et ceux qui s’intéressent aux insectes, et c’est notre cas ;p , cette revue rappelle quelque chose de fondamental : les interactions entre plantes, champignons et insectes sont d’une complexité vertigineuse. Un champignon microscopique qui vit dans une racine de riz peut modifier la composition chimique de la plante au point de réduire la survie, la fécondité et le comportement alimentaire d’un puceron qui se nourrit des feuilles, plusieurs dizaines de centimètres plus haut. C’est de l’écologie chimique à son meilleur.
Et dans un contexte où l’on cherche des alternatives durables aux pesticides de synthèse, comprendre ces interactions tritrophiques (champignon-plante-insecte) n’est pas un luxe académique. C’est une nécessité ! 🙂
En gros :
Des champignons microscopiques pourraient être une piste prometteuse pour une agriculture plus durable (et moins chimique !). Ils vivent à l’intérieur des plantes sans les rendre malades (les endophytes) peuvent les aider à résister à deux menaces majeures : le stress salin et les insectes ravageurs. Contre le sel, ils régulent les ions, activent les antioxydants et maintiennent l’hydratation cellulaire. Contre les insectes, ils produisent des toxines, percent la cuticule des ravageurs et activent les défenses de la plante.
Source : Kiran, K.R., Shivappa, S., Kaniyassery, A., Thorat, S.A., Murali, T.S. & Muthusamy, A. (2026). Mechanistic insights into the role of endophytic fungi in combating salinity and insect stress in plants. Journal of Crop Health 78: 82. https://doi.org/10.1007/s10343-026-01353-7
